本會自成立以來，很榮幸曾得到邵逸夫爵士、饒宗頤教授擔任榮譽主席。現任榮譽主席有敦煌研究院名譽院長樊錦詩先生、北京故宮博物院院長王旭東博士；名譽會長和顧問由梁愛詩女士、林鄭月娥女士、徐立之教授及陳萬雄博士擔任。

為了表揚非常熱心的贊助人，本會顧問委員會內另設有名譽會長、名譽副會長和名譽會董等名號，每年由會方考慮和理事會確定人選後邀請。

執行方面設有理事會和專案工作小組，各委員和工作人員均為義務，致力支持及資助敦煌研究院進行長遠及具前瞻的計劃，希望後世也能目賭敦煌石窟藝術精華，認識中國深遠的文化源流。

財政由專業財務人員處理、專業核數師每年核數、並由專業核數師擔任審計委員會主席。

內部管治參照香港廉政公署對非牟利團體的指引【慈善團體及籌款活動的管理】，制定嚴謹具體的內部指引。